Module de saisie protocolée

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Remarques initiales

Le module de saisie protocolée permet la saisie d'une série de donnée en fonction d'un protocole pré-défini. Elle permet de collecter des données sur la base de point d'écoute, de transect ou de surface. Des informations complémentaires sur l'habitat ou la météo peuvent être demandées. Dans tous les cas, la pression d'observation est obligatoirement renseignée mais parfois contrainte sur la durée, c'est donc une fonction dérivée de la saisie par formulaires journaliers.

Chaque protocole est composé d'un groupe de point d'écoute / transect / surface associée à un groupe taxonomique. Par exemple, nous pouvons imaginer un protocole défini par 10 points d'écoute de 5 minutes pour les oiseaux ainsi que 9 transects pour les mammifères entre les points (C'est le cas du protocole STOC EPS). Un résumé reprend les différentes configurations existantes. 

Pour chaque protocole pré-défini, il existe deux droits d'accès :

  • un pour l'utilisateur normal qui peut gérer (créer / renseigner / modifier) les formulaires qu'il a créé.
  • un pour l'administrateur du protocole qui peut gérer tous les formulaires associés à ce protocole.

Un "super lieu-dit" est automatiquement créé pour rassembler tous les points/transects d’un protocole. Cela permet de faire une extraction sur tous les points d’un coup.

Protocoles supportés

Liste des paramétrages disponibles pour construire les différents protocoles

Nom du paramétrage Type Valeur par défaut Explication
Code du protocole nombre entier automatique numéro d'identificationn du protcole
Nom du protocole chaine de caracatères (45) - nom décrivant le protocole
Nombre de points minimum nombre entier 0 si le protocole contient des points d'écoute, le nombre minimum de points autorisés
Nombre de points maximum nombre entier 0 si le protocole contient des points d'écoute, le nombre maximum de points autorisés
Temps pour le point nombre entier (minute) - si le temps d'un point d'écoute est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL
Groupe taxonomique pour le point nombre entier 1 (oiseaux) indiquez le groupe taxonomique du/des points d'écoutes
Groupe taxonomique secondaire pour le point nombre entier - indiquez un groupe taxonomique secondaire pour le point (en plus du groupe précédent)
Nombre de transects minimum nombre entier 0 si le protocole contient des transects, le nombre minimum de transects autorisés
Nombre de transects maximum nombre entier 0 si le protocole contient des transect, le nombre maximum de transects autorisés
Temps pour le transect nombre entier (minute) - si le temps d'un transect est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL
Groupe taxonomique pour le transect nombre entier 1 (oiseaux) indiquez le groupe taxonomique du/des transects
Groupe taxonomique secondaire pour le transect nombre entier - indiquez un groupe taxonomique secondaire pour le transect (en plus du groupe précédent)
Nombre de polygones minimum nombre entier 0 si le protocole contient des polygones, le nombre minimum de polygones autorisés
Nombre de polygones maximum nombre entier 0 si le protocole contient des polygones, le nombre maximum de polygones autorisés
Temps pour le polygones nombre entier (minute) - si le temps d'un polygones est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL
Groupe taxonomique pour le polygones nombre entier 1 (oiseaux) indiquez le groupe taxonomique du/des polygones
Groupe taxonomique secondaire pour le polygones nombre entier - indiquez un groupe taxonomique secondaire pour le polygone (en plus du groupe précédent)
Pointage précis autorisé booléen -
Nombre de passage nombre entier -
Code projet nombre entier - Permet d'assigner automatiquement un projet à toutes les données du protocole
Masquage automatique booléen - Les données du protocole sont masquées automatiquement
Couche de délimitation chaine de caractères (15) - Si la surface est prédéfinie, il est possible de récupérer automatiquement le périmètre sous jascent
Taille de la grille nombre entier - Permet d'afficher automatiquement une grille sur la carte
REQUIRE_DETAIL booléen 1
ONLY_ADMIN_CREATE booléen 0
DAILY_LIST_SPECIES booléen 0
DAILY_LIST_SPECIES_FILTER booléen 0
EXTENDED_SPECIES_LIST booléen 0
FIXED_SPECIES_LIST booléen 0
Mois de début nombre entier 6 (juin) décrit le mois du premier recensement
COLOR nombre entier chaine de caractères (6)
DEFAULT_ATLAS_CODE nombre entier 0
USE_ADVANCED booléen 0
HABITAT ('none','stoc') 'none'
Méthode de saisie ('unique_detail','detail','distance','calling','section') 'detail'
Météo ('none','stoc') 'none'
TRANSPORT ('none','stoc') 'none'
POPUP_NO_VALUE Booléen 0

Tableau des protocoles

Ce tableau présente un rapide résumé des différentes configurations existantes :


ID du protocole Code du protocole Nom du protocole Support mobile Nombre de points d'écoute Durée imposée de chaque point d'écoute Nombre de transects Durée imposée de chaque transect Nombre de polygone Durée imposée de chaque polygone Nombre de passage annuel
1 STOC_EPS STOC EPS 10 points oiseaux 5 minutes 9 transects mammifères indéterminée - - 3
2 SHOC SHOC - - 10 transects oiseaux indéterminée - - 2
3 STOC_SITES STOC Sites 1 - 50 points oiseaux 5 minutes - - - - indéterminé
4 STOC_MONTAGNE STOC Montagne 10 points oiseaux 10 minutes - - - - 2
5 GENERIC_BIRD générique oiseaux 0 - 50 points oiseaux indéterminée 0 - 50 transects oiseaux indéterminée 0 - 50 polygones oiseaux indéterminée indéterminé
6 LAGOPUS_MOTA Lagopède Alpin 1 point oiseau indéterminée - - - - 2
7 STOC ONF STOC ONF 10 points oiseaux 5 minutes 9 transects mammifères indéterminée - - 3
8 PTAKI_LESNE PTAKI LESNE - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée 4
9 WATERBIRD Wetlands oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
10 TETRAO_TETRIX Tétras lyre 1 point oiseau indéterminée - - - - 2
11 WOODCOCK Suivi repro Bécasse des bois - - - - - - indéterminé
12 NOU_ATLES_DIURN NOU_ATLES_DIURN - - - - 5 polygones oiseaux 1 heure 2
13 NOU_ATLES_NOCTURN NOU_ATLES_NOCTURN - - - - 2 polygones oiseaux 1 heure 1
14 BVM Brutvögel Monitoring 3 - 23 points oiseaux 5 minutes - - - - 2
15 SOCC Seguiment d'Ocells Comuns a Catalunya - - 1 transect oiseaux - - - 4
16 PSMD Programa de Seguimiento de Mariposas Diurnas - - 1 transect papillons - - - 10
17 GOOSE_SWAN_FIELD oies/cygnes (champs) oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
18 GOOSE_SWAN_ROOST oies/cygnes (repos) oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
19 MNIA Monitoraggio Nazionale Italiano Anfibi - - 1 transect amphibiens indéterminée - - indéterminé
20 MNIR Monitoraggio Nazionale Italiano Rettili - - 1 transect reptiles indéterminée - - indéterminé
21 GI Garzaie Italia - - 1 transect oiseaux indéterminée - - indéterminé
22 CORVUS Corbeau freux oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
23 ARDEA Héron cendré oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
24 RIPARIA Hirdonelle des rivages oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
25 CBBM Monitoring des oiseaux nicheurs répandu oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
26 CREX Râle des genêts (points d'écoute) - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
27 TERRITORY_MAPPING Cartographie de territoire oui
28 WOODPECKER Point d'écoute pic oui
29 MEADOW Suivi repro limicole oui
30 CORNCRAKE Reproduction Râle des genêts (polygone) oui
31 MOONWATCH Suivi pleine lune
32 NOCMIG Point d'écoute migration nocturne
33 SCOPS Point d'écoute Petit-duc oui
34 CRANE_ROOST Reproduction Grue centrée oui
35 GULLS_TERNS Goéland et Sternes oui
36 CIRL Suivi Burant zizi oui
37 GLC GLC - - 1 transect oiseaux indéterminée - - indéterminé
38 BIOMETRIC Suivi biometrique chiroptère
39 STOC_SITES_RNF STOC Sites_RNF 1 - 50 points oiseaux 5 minutes - - - - indéterminé
40 MHB_BDM Monitoring des oiseaux nicheurs répandu oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
41 MF MF oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
42 VBS VBS oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
43 OTHER_MAPPING Autre cartographique générique oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
44 ACOUSTIC ACOUSTIC non - - - -
45 LIMAT Limicoles, Anatidés, Grèbes et Foulques nicheurs de France oui - - - - - - -
46 JACKDAW Protocol Choucas des tours oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
47 WATERBIRD_BREEDING Nicheur des zones humides oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
48 REEDBREEDERS Nicheurs de roselière oui - - - -
49 BEWICKII Hivernage Cygne de Bewick oui - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé

Instructions détaillées par protocole

STOC EPS (1)

STOC ONF (7)

SHOC (2)

STOC Sites (3)

STOC Montagne (4)

générique oiseaux (5)

Lagopède alpin (6)

Tétra lyre (10)

PTAKI LESNE (8)

Wetlands (9)

GLC (11)

Nou atles diurn (12)

Nou atles nocturn (13)

Brutvögel Monitoring (14)

Seguiment d'Ocells Comuns a Catalunya (15)

Programa de Seguimiento de Mariposas Diurnas (16)

Oies/Cygnes (champs) (17)

Oies/Cygnes (repos) (18)

Monitoraggio Nazionale Italiano Anfibi (19)

Monitoraggio Nazionale Italiano Rettili (20)

Garzaie Italia (21)

Corbeau freux (22)

Héron cendré (23)

Hirdonelle des rivages (24)

Monitoring des oiseaux nicheurs répandu (25)

Râle des genêts (26)

Import d'un fichier shp

Pour importer des polygones, points d’écoutes ou carrés dans le cadre d’une saisie protocolée, il faut préparer un fichier zip, contenant les fichiers nécessaires (minimum 5) afin d’importer en une fois tous les points/transects/polygones/carrés d’un protocole.

Impératif AVANT import:

Il est très important de bien préparer les fichiers, avec le programme QGIS ou équivalent, en tenant compte des formats (il faut que l’encodage soit en UTF-8 et idéalement en WGS84 qui correspond au code EPSG 4326), du contenu des colonnes, de la définition des points de référence par polygone si on ne désire pas l'attribution automatique du centroïde de ce dernier qui peut se trouver en dehors du polygone, de la présence d'une colonne avec attribution à un observateur (si déjà connu), définir si les lieudits ou superlieudits (Supersites) sont publics ou privés, etc.

puis aller dans

Administration-> Gestion des protocoles -> Importer un shapefile


Il faut ensuite :


  1. Sélectionner le fichier zip à importer.
  2. L’encodage est en UTF-8 uniquement.
  3. Choisir les références spatiales (la liste proposée est en fonction de votre pays) dans l’onglet SRID
  4. Choisir le protocole concerné (le choix proposé dépend de ce qui est actif sur votre plateforme)

S’il y a déjà un ou des fichiers shapefile importés ils apparaissent dans l’historique en bas.

La fenêtre description des données s’ouvre. Seul le champs "nom de référence" est obligatoire (flèche rouge). En appuyant sur la flèche, vous faites apparaître le nom des colonnes, il faut sélectionner la colonne de votre fichier shapefile que le système doit prendre en compte. Pour le nom de référence, par exemple, on peut choisir soit la colonne nom du lieu, soit la colonne n° du carré, polygone, transect,…

Le champ nom personnalisé est utile si vous n’utilisez pas les mêmes dénominations des lieux que les noms officiels, par exemple.

Sélection automatique du lieu-dit de référence : Chaque polygone, transect,… doit avoir un point de référence, il peut être commun à plusieurs polygones. Lorsque l’on choisit la version par défaut automatique, le système attribue un point qui correspond au centroïde du polygone. Si un nouveau point est crée, il faudra lui attribuer un nom (sous la case Nom 4 ème coche, cf flèche violette de la figure ci-dessous), sinon le système lui donne automatiquement le nom de référence. Si l’on veut que les points crées soient publics ou privés, il faut le spécifier dans une colonne du fichier avec mention oui/non. Ce travail aura dû être effectué avant l’import. Lorsque le point est déjà existant, on peut lui attribuer un n° de lieudit ou/et le nom d’un lieudit existant. (flèches vertes)

Il peut aussi être sélectionné selon ses coordonnées.

L'onglet ordre (flèche orange) permet de spécifier quelle colonne du fichier shapefile va être utilisé pour l’ordre de classement des polygones.

On peut également attribuer un numéro d’observateur, ainsi les droits seront automatiquement donné à cette personne sur ce polygone/point/transect.

Pour ajouter plus d’utilisateur pour un polygone, il faudra passer par le menu administration du polygone en question.

«  import shapefile description donnees.png »

Une fois tous les champs désirés remplis, cliquer sur « Importer un shapefile » Après cette action les observateurs et administrateurs concernés ont accès à leur protocole Via l’onglet Participer -> tous mes protocoles (flèche orange figure ci-dessous) « Import shapefile masque util.png »

En cliquant sur le logo pdf (flèche jaune), l'observateur peux downloader la carte du secteur de son protocole, le QRcode en bas à gauche permet d’accéder directement à la page internet de son secteur protocolé

“import shapefile carte pdf.png”

En cliquant sur la loupe, l'observateur accède à la carte de son secteur

« import shapefile carte net.png »

En cliquant sur l’onglet formulaire (flèche…) il peut ajouter directement des observations dans le cadre du protocole, et modifier le protocole selon ses droits : N° du polygone ou lieu dit


Lorsque l’on a importé un shapefile polygone, il n’est pas possible d’en rajouter un avec l’outil et un message d’erreur apparait. L’outil modifier le polygone est par contre actif.


Il est possible d’utiliser des multis polygones, mais seulement via l’import d’un fichier shapefile car il n’est pas possible de les dessiner directement dans le module saisie protocolée.



NB: Le fichier shape doit être compatible avec le protocole choisi. Par exemple, le protocole Wetland attend des polygones, il faut donc que le shape contienne des polygones.

Attention, le module ne supporte que l'encodage UTF-8. Le système ne vérifie rien et assume que le fichier est correct. Vérifiez donc bien votre encodage, sinon les caractères accentués peuvent devenir des symboles cabalistiques.

L'ID de référence est obligatoire (alphanumérique), mais si un nom personnalisé est donné, le nom personnalisé est utilisé comme ID de référence.

Un fichier shape doit contenir 6 fichier différents, qu'il faut réunir dans un fichier .zip pour import.




Masque d'import d'un shapefile


FAQ

Puis-je utiliser le formulaire protocole pour un autre emploi?

Non car les protocoles SHOC et STOC EPS sont synchronisés en temps réel avec le site vigieplume du Muséum d’Histoire Naturelle et si cela ne concerne pas les protocoles sus mentionnés, les données sont susceptibles d’être effacées !

En cas d'oubli après validation du formulaire

Consultez vos observations dans les menus prévus (Toutes mes données ou consultations multicritères) et sélectionnez l’icône « Editer la donnée » (Figure 1) La page Détail de l’observation s’ouvre et en cliquant sur l’icône «  ajouter une espèce au formulaire » vous pouvez ajouter les espèces manquantes sur le même point d’écoute ou transect pour le même relevé ! (Figure 2) Malgré la mention non obligatoire, il faut renseigner le nombre et la distance comme dans le formulaire protocolé, le système vous le demandera en cas d'oubli. (Figure 3)

Figure 1
Figure 2
Figure 3
Supprimer/ modifier une donnée dans le cadre d'un protocole

Dans "Toutes mes observations"

Pour suppression: cliquer sur le bouton "effacer la donnée" (flèche orange) Pour modification: cliquer sur le bouton "Editer la donnée" (flèche verte)

One data protocol delete.png
Suppression d'un formulaire complet

Dans toutes mes observations cliquer sur l’icône « effacer le formulaire » adjacent à une observation du formulaire en question.

All data protocol delete.png
En cas d'insertion d'une espèce par erreur dans le formulaire

Si une espèce non observée a été insérée dans la liste par erreur, il suffit de ne pas renseigner le nombre d’individus et la ligne n'est pas prise en compte.

Puis-je effacer un carré crée par erreur

Il n'est pas possible d'effacer un carré faisant partie d'un protocole.

Afin d'éviter une saisie protocolée non désirée sur ce carré, il faut le laisser sans observateur, ainsi la saisie protocolée sur ce carré n'est pas possible.


Aller dans le menu "Administration" puis "Utilisateurs/site" cliquer sur "Editer" (rond rouge) du carré concerné et effacer l'observateur si il y en a un.

Enlever observateur.png
J'ai 2 carrés identiques et je ne sais pas lequel contient des observations!

Afin de vérifier si le carré contient des observations protocolées, aller dans la partie "Administration" puis "Sites" Noter le numéro des carrés concernés (Code site, flèche orange)

Trouver nunero carre.png

Aller ensuite dans "Administrations" puis "Vérification des données"

choisir le site selon son numéro (flèche orange, Figure 1) puis cliquer sur "Afficher" (flèche jaune)

Si aucun graphique n'apparaît (rond rouge sur Figure 1), il n'y a pas de données, sinon un graphique avec des carrés colorés indiquant les jours comptant des relevés s'affichent. (entouré en rouge sur Figure 2)

On peut directement cliquer dessus pour obtenir le détail des observations.

Figure 1
Figure 2
Que puis-je faire avec les droits d'admin d'un protocole
  1. Il donne accès au sous-menu décrit ici : Menu d'administration des protocoles. Un menu par protocole auquel l'utilisateur à accès est affiché. Ce menu n'est visible que si l'observateur à le droit d'accès admin généralisé (et non localisé à une commune/canton/département).
  2. Il peut faire un export des données spécifiques aux protocoles auquel il à accès. Ce comprend en particulier le nom de chaque sous-site du protocole ainsi que le nom local de ces mêmes sous-sites (si utilisé)
  3. Il permet de faire une recherche en limitant aux données liés aux protocoles auquel il à accès. Ceci ouvre la porte aux exports décrit dans le point précédent. (Il faut faire une recherche limitée à un protocole pour pouvoir exporter les données spécifiques liée à ce protocole)
  4. Un administrateur d'un protocole voit tous les sites liés à ce protocole sur la carte quand il navigue. (L'utilisateur normal du protocole voit uniquement les sites qui lui sont attribués (par un administrateur du protocole en question). Ce droit est générique mais il peut être reteint à une ou plusieurs communes par un administrateur de la base.
  5. Depuis le menu décrit au point 1), il peut accéder à une synthèse de tous les recensements saisis par les différentes personnes ayant le droit de saisir des données pour le protocole. Ce droit est générique mais il peut être reteint à une ou plusieurs communes par un administrateur de la base (idem qu'au point précédent).
  6. Depuis le menu décrit au point 1), avec les droits non localisé (c'est à dire non limité un à une commune/département/région/province), il peut changer les paramétrages du protocole, par exemple activer/désactiver la saisie de la hauteur de neige ou ce genre de chose.
  7. Depuis le menu décrit au point 1), il est possible d'attribuer des observateurs au protocole. Cette personne aura alors le droit d'accès à la saisie des données pour le protocole en question. Elle pourra également créer un nouveau site qui sera associé au protocole. Il est toutefois possible de limiter cette dernière option aux administrateurs du protocole seulement.
  8. Depuis le menu décrit au point 1), il est possible d'importer des polygones depuis un shapfile (pour les protocoles qui utilisent des polygones)
Quelles traductions sont nécessaire pour chaque protocole

Appelons un nouveau protocole PPP, les traductions suivantes seront disponible :

Constante Exemple Explication Remarques
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP Oiseaux d'eau C'est le nom relativement court du protocol. C'est l'élément typographique utilisé un peu partout pour décrire des éléments liés à un protocole (Ajout, Edition, Export, Import, etc...) Ce champ est obligatoire et doit être défini pour tout nouveau protocole.
ADD_MAP_PPP Comptage oiseaux d'eau Est affiché dans en dessus de la carte dans l'étape 1 de la saisie sur le web et dans le menu + dans l'application mobile. Ce champ est obligatoire et doit être défini pour tout nouveau protocole.
STOC_PROCESSOR_SHORTNAME_PPP ROE C'est un acronyme décrivant le protocole. Ce champ est facultatif, s'il est défini, ce texte est ajouté automatiquement entre parenthèse après chaque nom de site créé avec ce protocole. Par exemple: "Etrang des Iles (ROE)". Cela permet de différencier d'un autre site "Etang des Iles" qui ne serait pas lié à un protocole. Ce champ est ignoré s'il vaut "-"
DAILY_LIST_TEXT_INTRO_PPP Utilisez la liste ci-dessous pour ajouter les espèces d'oiseaux observées pendant le compatge (également les mammifères si vous en avez vu et compté) et introduisez pour chaque espèce le total de chaque section. Ce texte est affiché en dessus du masque de saisie principal des données. Il donne une explication sur ce qui doit être saisi. Ce champ est facultatif, s'il est absent ou avec la valeur "-", c'est la constante DAILY_LIST_TEXT_INTRO_UNIQUE_MAP qui est affichée par défaut. Notez que pour un formulaire "normal", c'est à dire non protocolé, la constante DAILY_LIST_TEXT_INTRO qui est utilisée (qui n'est pas affiché non plus s'il vaut "-")
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP_DESCRIPTION Le Recensement des oiseaux d'eau est l'outil parfaitement adapté à de nombreuses zones humides C'est un petit texte de présentation dédiée au protocole. Il est utilisé sur la page de présentation des secteurs de recensement encore libre. Ce champs est facultatif. Il est ignoré s'il vaut "-"
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP_LINK https://www.example.com C'est un lien externe vers une page dédiée au protocole. C'est utilisé sur la page de présentation des secteurs de recensement encore libre. Ce champs est facultatif. Il est ignoré s'il vaut "-"