Module de saisie protocolée

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Remarques initiales

Le module de saisie protocolée permet la saisie d'une série de données en fonction d'un protocole prédéfini. Elle permet de collecter des données sur la base de point d'écoute, de transect ou de surface. Des informations complémentaires sur l'habitat ou la météo peuvent être demandées. Dans tous les cas, la pression d'observation est obligatoirement renseignée mais parfois contrainte sur la durée, c'est donc une fonction dérivée de la saisie par formulaires journaliers.

Chaque protocole est composé d'un groupe de points d'écoute / transects / surfaces associées à un groupe taxonomique. Par exemple, nous pouvons imaginer un protocole défini par 10 points d'écoute de 5 minutes pour les oiseaux ainsi que 9 transects pour les mammifères entre les points (C'est le cas du protocole STOC EPS). Un résumé reprend les différentes configurations existantes. 

Pour chaque protocole prédéfini, il existe deux droits d'accès :

  • un pour l'utilisateur normal qui peut gérer (créer / renseigner / modifier) les formulaires qu'il a créé.
  • un pour l'administrateur du protocole qui peut gérer tous les formulaires associés à ce protocole.

Un "super lieu-dit" est automatiquement créé pour rassembler tous les points/transects d’un protocole. Cela permet de faire une extraction sur tous les points d’un coup.

Liste des paramètres supportés par les protocoles

Liste des paramétrages disponibles pour construire les différents protocoles

Nom du paramétrage Code Type Valeur par défaut Explication Illustration
ID du protocole ID nombre entier automatique Numéro unique d'identificationn du protocole. Défini par Biolovision.
Nom du protocole NAME chaine de caracatères (45) - Nom unique décrivant le protocole
Symbole SYMBOL chaine de caracatères (512) - Icône unique au format SVG pour identifier une donnée associée au protocole.
Icone SVG.png
Patron TEMPLATE chaine de caracatères (45) - Nom d'un fichier PDF qui contient le chablon fixe prévu pour une impression des cartographies de terrain. Un fichier par langue doit être fourni. La partie de droite ainsi que les coins doivent rester vide. Il seront remplis automatiquement. (cf. exemple). Les 4 coins de la carte contienne des QR codes avec les coordonnées géographique des coins. C'est utile si la carte doit ensuite être scannée pour numérisation des données. Le calage des coordonnées est alors automatiques. Par ailleurs, ces cartes peuvent être imprimées avec différentes couches (IGN, OSM, BKG, SwissTopo et autres), elles peuvent être imprimée en noir/blanc ou avec un niveau de transparence variable.
Image (6).png
Image (7).png
Cercle RADIUS nombre entier 0 Une valeure non nulle affichera un cercle concentrique à la distance définie par RADIUS
Radius sample.png
Nombre de cercles RADIUS_CNT nombre entier 0 Une valeur non nulle affichera RADIUS_COUNT cercle concentrique toujours séparé par la distance RADIUS
Alèrte hors cercle RADIUS_ALERT booléen 1 Affiche un message si une donnée est placée au delà du dernier cercle concentrique
SHOW_ESTIMATION booléen 1 Affiche ou masque le bouton de sélection d'une estimation. Si l'option est activée (par défaut), on peut préciser si le nombre est une estimation, une valeur exacte ou un minima. Dans le cas contraire, les chiffres donnés sont tous considérés comme précis.
Estimation.jpg
Liste de boutons prédéfini BUTTONS json - Fichier JSON contenant un descriptif de boutons qu'il faut afficher lors de la saisie. Ces boutons sont une combinaison entre l'âge/sexe et un indice de reproduction. Il existe aussi un bouton pour indiquer la direction de vol (ou vol stationaire). Il peut être combiné avec les autres options.
Buttons.jpg
Rose.jpg
Utilise la somme USE_SUM booléen 0 Cette option permet d'afficher un bouton "somme" qui permet de saisir un total pour l'ensemble du périmètre sans localisation précise. Ne fonctionne que pour les polygones et les transects
Capture 2022-01-27 at 5.26.05.png
Ligne "non précise" automatique AUTOMATIC_UNPRECISE_SUM_SPECIES booléen 0 Option utilisée uniquement sur l'interface web. Permet d'ajouter automatiquement des lignes vides non-précises "somme" pour chaque espèce d'une liste.
Nombre de points minimum NBRE_POINTS_MIN nombre entier 0 Si le protocole contient des points d'écoute, le nombre minimum de points autorisés.

Un protocole peut être défini avec des points, des transects et/ou des surfaces.

Nombre de points maximum NBRE_POINTS_MAX nombre entier 0 Si le protocole contient des points d'écoute, le nombre maximum de points autorisés
Temps pour le point TIME_POINT nombre entier (minute) - Si le temps d'un point d'écoute est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL. Si le temps est contraint, l'interface affiche un timer permettant de voir visuellement le temps restant (cf. capture d'écran). Le téléphone vibre quand le temps est écoulé.
Timer.jpg
Groupe taxonomique pour le point TAXO_POINT nombre entier 1 (oiseaux) Indique le groupe taxonomique du/des points d'écoutes
Groupe taxonomique secondaire pour le point ADDITIONAL_TAXO_POINT nombre entier - Indique un groupe taxonomique secondaire pour le point (en plus du groupe précédent)
Nombre de transects minimum NBRE_TRANSECTS_MIN nombre entier 0 Si le protocole contient des transects, le nombre minimum de transects autorisés

Un protocole peut être défini avec des points, des transects et/ou des surfaces.

Nombre de transects maximum NBRE_TRANSECTS_MAX nombre entier 0 Si le protocole contient des transect, le nombre maximum de transects autorisés
Temps pour le transect TIME_TRANSECT nombre entier (minute) - Si le temps d'un transect est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL
Groupe taxonomique pour le transect TAXO_TRANSECT nombre entier 1 (oiseaux) Indique le groupe taxonomique du/des transects
Groupe taxonomique secondaire pour le transect ADDITIONAL_TAXO_TRANSECT nombre entier - Indique un groupe taxonomique secondaire pour le transect (en plus du groupe précédent)
Nombre de polygones minimum NBRE_POLYGONES_MIN nombre entier 0 Si le protocole contient des polygones, le nombre minimum de polygones autorisés
Nombre de polygones maximum NBRE_POLYGONES_MAX nombre entier 0 Si le protocole contient des polygones, le nombre maximum de polygones autorisés
Temps pour le polygones TIME_POLYGONE nombre entier (minute) - Si le temps d'un polygones est contraint, le chiffre indique le temps en minute, sinon NULL
Groupe taxonomique pour le polygones TAXO_POLY nombre entier 1 (oiseaux) Indique le groupe taxonomique du/des polygones
Groupe taxonomique secondaire pour le polygones ADDITIONAL_TAXO_POLY nombre entier - Indique un groupe taxonomique secondaire pour le polygone (en plus du groupe précédent)
Nombre de limites extérieures NBRE_BOUNDING_BOX_MAX nombre entier - Est utilisé par l'interface web pour définir un nombre maximum de polygones délimitant que l'utilisateur peut définir. Cela peut servir par exemple à définir la limite de saisie pour les oiseaux au sol et une autre pour les oiseaux en vol.
Pointage précis autorisé USE_PRECISE_POINTING booléen 1 Autorise la saisie précise des données. Utilisé par l'interface web, la saisie mobile est de toute façon précise.
Nombre de passages NBRE_PASSAGE nombre entier - Défini le nombre de passages autorisés sur la période considérée. Si ce nombre est défini, le système ne laisse pas entrer plus de passages que le nombre défini par le protocole.
Code projet PROJECT_ID nombre entier - Permet d'activer la saisie possible d'un projet en lien avec le protocol. Par défaut, le projet PROJECT_ID est pré-sélectionné.
Masquage automatique AUTO_HIDDEN booléen - Les données du protocole sont masquées automatiquement
Couche de délimitation OVERLAY_LAYER chaine de caractères (15) - Si la surface est prédéfinie, il est possible de récupérer automatiquement le périmètre sous jascent
Taille de la grille OVERLAY_GRID_SIZE nombre entier - Permet d'afficher automatiquement une grille sur la carte
Le détail peut être renseigné REQUIRE_DETAIL booléen 1 Force la saisie de l'âge et du sexe.
Création uniquement par un admin ONLY_ADMIN_CREATE booléen 0 Si ce paramétre est activé, seul un administrateur peut créer un nouveau périmètre. Ce paramètre à été remplacé par le suivant.
Type de droit nécessaire pour créer un site CREATE_ACCESS ('basic', 'only_admin_create', 'need_validation') 'basic' Définit le mode de création d'une nouveau point de recensement. L'option par défaut 'basic' permet à l'importe qui de créer un nouveau site. L'option 'only_admin_create' impose le droit d'administration pour pouvoir créer un site. La dernière option 'need_validation' permet à tous de créer un nouveau site mais il doit être validé par un administrateur avant de pouvoir être utilisé pour la saisie.
Gestion de la liste d'espèces DAILY_LIST_SPECIES booléen 0 Si cette option est activée, alors un admin peut gérer lui-même la liste d'espèces prédéfinie pour le protocole.
Boutons de sauvegarde SAVE_BUTTON_TYPE ('partial_full', 'partial', 'full') 'partial_full' Lorsqu'une liste est terminée pour un protocole défini, on peut choisir d'afficher un ou plusieurs boutons pour indiquer si une liste est complète (full), partielle (partial) ou si les deux boutons sont affichés. En pratique, un protocole qui demande de saisir toutes les espèces n'aura que le bouton "full" disponible. Un autre protocole qui ne va concerner par exemple que les laridés ne va contenir que le bouton "partiel". Les protocoles qui peuvent être exhaustifs, mais pas toujours, afficherons les deux boutons. Le but de tout cela est de savoir si la liste saisie est exhaustive ou non. C'est très utile pour déterminer les espèces absentes.
End form button.jpg
Saisie simultanée de plusieurs sites SIMULTANEOUS_FORM booléen 0 Si cette option est activée, il sera alors possible de saisir simultanément 2 sites de comptage en même temps. C'est particulièrement utile si deux surfaces séparées sont définies de part et d'autre de la route. Lorsqu'un comptage est démarré, si plusieurs sites sont disponibles dans le secteur, la liste est affichée et il est possible d'en sélectionner plusieurs. Tous les sites sélectionnés sont alors affichés sur la carte. Cette option ne fonctionne pour le moment que pour les polygones.
Simultane.jpg
Simultan select.jpg
DAILY_LIST_SPECIES_FILTER booléen 0
Active la liste d'espèces étendue EXTENDED_SPECIES_LIST booléen 0 Si cette option est activée, le protocole pourra proposer deux listes d'espèces distinctes. La deuxième étant une extension de la première. C'est utile quand un protocole prévoit 2 options en fonction du temps que peut investir l'observateur. A la fin de la saisie, l'observateur sera invité de préciser quelle liste il aura suivi.
Button end.jpg
Limitation de la liste d'espèce FIXED_SPECIES_LIST booléen 0 Si cette option est activée, la liste d'espèce est pré-définie et restreinte. Autrement dit un admin peut définir une liste d'espèce et il ne sera pas possible d'en saisir d'autres.
Mois de début START_MONTH nombre entier 6 (juin) décrit le mois du premier recensement
COLOR nombre entier chaine de caractères (6)
Indice de reproduction par défaut DEFAULT_ATLAS_CODE nombre entier 0 En mettant une valeur non nulle, on définit un code de reproduction par défaut. Utile pour les protocoles qui ne font que suivre la reproduction, cela permet un gain de temps lors de la saisie sans perdre l'info de reproduction.
Mode avancé USE_ADVANCED booléen 0 Certains protocoles proposent 2 modes, un basique et un avancé avec plus d'options. Ce paramètre active ce mode de fonctionnement.
Saisie de l'habitat HABITAT ('none','stoc') 'none' Si le mode est 'stoc' alors un formulaire spécial (dérivé du protocol STOC du MNHN) est demandé lors de la saisie. N'est actif que sur l'interface web.
Méthode de saisie FORM_USED ('unique_detail','detail','distance','calling','section') 'detail' Définit l'interface de saisie (à développer plus en détail)
Lecture seule READ_ONLY booléen 0 Permet de désactiver la saisie des données pour un protocole. Par exemple à la fin d'une prospection, les données restent accessible en consultation mais il ne sera plus possible d'en saisir de nouvelles.
Encourage la saisie d'effectif POPUP_NO_VALUE booléen 0 Si cette option est activée, lorsqu'un observateur entre une donnée "non comptée", le système propose au contraire de rentrer un nombre précis. Cela affiche une popup à chaque fois mais ce n'est pas contraignant pour la suite de la saisie.
Liste vide autorisée ALLOW_EMPTY_FORM booléen 1 Si cette option est activée, il sera alors possible de saisir des listes vide. Utile pour matérialiser les prospections négatives.
Interface tablette TWO_PANEL_MAP booléen 0 Cette option active le mode "tablette". NaturaList s'utilise alors à l'horizontal avec un formulaire de saisie sur la gauche et la carte sur la droite. Une interface pour téléphone est quand même disponible avec le formulaire qui glisse sur la carte.
Pas d'interface web NO_WEB_INTERFACE booléen 0 Ce protocole n'autorise pas la saisie via l'interface web. La saisie n'est possible qu'avec un mobile.
Suffix d'import ADD_IMPORT_SUFFIX booléen 0 Si actif, ajout du suffix du protocol au nom de chaque site créé.
Sauvegarde à chaque étape SAVE_LOOP booléen 0 Utilisé uniquement via l'interface web. Permet la sauvegarde après chaque ligne de donnée. Utile pour les formulaires longs et complexes pour éviter des pertes à cause d'une expiration du temps de saisie.
Conflit avec le mode colonie CONFLICTING_WITH_COLONY booléen 0 Désactive le "mode colonie". Ceci évite de faire une double saisie via le module colonie quand le protocole concerne également ces mêmes colonies
Vibration périodique TIME_NOTIFICATION nombre entier 0 Si le nombre est plus grand que zéro, le téléphone vibre chaque TIME_NOTIFICATION minutes. Cela permet d'avoir conscience, sans regarder l'écran, du temps écoulé.
FILTER_ID_SPECIES
FILTER_STRICT booléen 0
Effectif par défaut DEFAULT_COUNT ('', 'x', '1') '' Effectif affiché par défaut dans le masque de saisie. Rien, non compté ou 1.
Playback USE_PLAYBACK booléen 0 Ce protocole permet de faire de la repasse. Les fichiers sont à télécharger pour chaque espèce depuis l'interface d'admin.
Repasse.jpg
















Exemple d'une liste de repasse

Liste de raccourcis USE_SHORTCUT booléen 0 Ce protocole propose une liste de raccourcis prédéfinis.
Exemple d'une petite liste de raccourcis
Visible dans l'interface de participation TAKE_PART_LISTING booléen 0 Ce protocole est listé dans l'interface de promotion des comptages actifs. Les volontaires peuvent s'inscrire pour participer.
Détail étendu SHOW_EXTENDED_DETAILS booléen 0 Affiche les détails étendus
Affichage géométrie supplémentaire NBRE_EXTRA_GEOMETRY_MAX nombre entier 0 Autorise l'affichage de géométries complémentaires. Par exemple un point de départ. Si ce nombre est plus grand que zéro, il représente le nombre maximum de géométries autorisées.
Durée par défaut TIME_POINT_DEFAULT nombre entier 0 Utilisé par l'interface web pour définir une durée par défaut pour un protocole quand plusieurs comptages sont fait à la suite (série de point d'écoute par exemple). S'utilise en combinaison avec le bouton "recopier les infos" qui va reprendre les informations (type condition météo et autre paramètres considérés comme identiques pour une saisie à la suite) saisie lors du comptage précédent.
Type de comptage COUNT_TYPES json {} Permet de définir une interface alternative pour la saisie des effectifs. Par exemple ["singing", "calling", "visual"]

Tableau des protocoles

Ce tableau présente un rapide résumé des différentes configurations existantes :


ID du protocole Code du protocole Nom du protocole Support mobile Version

minimum (Android)

Nombre de points d'écoute Durée imposée de chaque point d'écoute Nombre de transects Durée imposée de chaque transect Nombre de polygone Durée imposée de chaque polygone Nombre de passage annuel
1 STOC_EPS STOC EPS oui 0.203 10 points oiseaux 5 minutes 9 transects mammifères indéterminée - - 3
2 SHOC SHOC oui 0.203 - - 10 transects oiseaux indéterminée - - 2
3 STOC_SITES STOC Sites oui 0.203 1 - 50 points oiseaux 5 minutes - - - - indéterminé
4 STOC_MONTAGNE STOC Montagne oui 0.203 10 points oiseaux 10 minutes - - - - 2
5 GENERIC_BIRD générique oiseaux 0 - 50 points oiseaux indéterminée 0 - 50 transects oiseaux indéterminée 0 - 50 polygones oiseaux indéterminée indéterminé
6 LAGOPUS_MOTA Lagopède Alpin 1 point oiseau indéterminée - - - - 2
7 STOC ONF STOC ONF 10 points oiseaux 5 minutes 9 transects mammifères indéterminée - - 3
8 PTAKI_LESNE PTAKI LESNE - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée 4
9 WATERBIRD Wetlands oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
10 TETRAO_TETRIX Tétras lyre 1 point oiseau indéterminée - - - - 2
11 WOODCOCK Suivi repro Bécasse des bois oui - - - - - - indéterminé
12 NOU_ATLES_DIURN NOU_ATLES_DIURN - - - - 5 polygones oiseaux 1 heure 2
13 NOU_ATLES_NOCTURN NOU_ATLES_NOCTURN - - - - 2 polygones oiseaux 1 heure 1
14 BVM Brutvögel Monitoring oui 0.179 3 - 23 points oiseaux 5 minutes - - - - 2
15 SOCC Seguiment d'Ocells Comuns a Catalunya - - 1 transect oiseaux - - - 4
16 PSMD Programa de Seguimiento de Mariposas Diurnas - - 1 transect papillons - - - 10
17 GOOSE_SWAN_FIELD oies/cygnes (champs) oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
18 GOOSE_SWAN_ROOST oies/cygnes (repos) oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
19 MNIA Monitoraggio Nazionale Italiano Anfibi - - 1 transect amphibiens indéterminée - - indéterminé
20 MNIR Monitoraggio Nazionale Italiano Rettili - - 1 transect reptiles indéterminée - - indéterminé
21 GI Garzaie Italia - - 1 transect oiseaux indéterminée - - indéterminé
22 CORVUS Corbeau freux oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
23 ARDEA Héron cendré oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
24 RIPARIA Hirdonelle des rivages oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
25 CBBM Monitoring des oiseaux nicheurs répandu oui 0.128 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
26 CREX Râle des genêts (points d'écoute) - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
27 TERRITORY_MAPPING Cartographie de territoire oui 0.128
28 WOODPECKER Point d'écoute pic oui 0.154
29 MEADOW Suivi repro limicole oui 0.154
30 CORNCRAKE Reproduction Râle des genêts (polygone) oui 0.154
31 MOONWATCH Suivi pleine lune oui 0.154
32 NOCMIG Point d'écoute migration nocturne
33 SCOPS Point d'écoute Petit-duc oui 0.178
34 CRANE_ROOST Reproduction Grue centrée oui 0.128
35 GULLS_TERNS Goéland et Sternes oui 0.166
36 CIRL Suivi Burant zizi oui 0.166
37 GLC GLC - - 1 transect oiseaux indéterminée - - indéterminé
38 BIOMETRIC Suivi biometrique chiroptère
39 STOC_SITES_RNF STOC Sites_RNF 1 - 50 points oiseaux 5 minutes - - - - indéterminé
40 MHB_BDM Monitoring des oiseaux nicheurs répandu oui 0.166 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
41 MF MF oui 0.166 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
42 VBS VBS oui 0.166 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
43 OTHER_MAPPING Autre cartographique générique oui 0.166 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
44 ACOUSTIC ACOUSTIC - - - -
45 LIMAT Limicoles, Anatidés, Grèbes et Foulques nicheurs de France oui 0.166 - - - - - - -
46 JACKDAW Protocol Choucas des tours oui 0.170 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
47 WATERBIRD_BREEDING Nicheur des zones humides oui 0.170 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
48 REEDBREEDERS Nicheurs de roselière oui 0.170 - - - -
49 BEWICKII Hivernage Cygne de Bewick oui 0.178 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
50 CBBM_PROTECTED_AREAS Relevé des oiseaux nicheurs communs dans les aires protégées oui 0.183 - - - -
51 PERDIX Perdrix grise oui 0.183 - - - - 1 polygone oiseaux indéterminée indéterminé
52 SHOC-SITE-RNF SHOC Site RNF oui 0.203 - - - -
53 SHOC-SITE SHOC Site oui 0.203 - - - -
54 CBBM_SEMI_COMMON CBBM Semi-Common oui 0.203 - - - -
55 OWLS_SMALL Small Owls oui 0.203 - - - -
56 WRYNECK Wryneck protocol oui 0.203 - - - -
57 POINT_COUNT - - - -
58 SNSP - - - -
59 PICIDAE - - - -
60 SNSP_RAPTORS - - - -
61 CORMORANT - - - -
62 OEFS - - - -
63 CBBM_HIGHALPS - - - -
64 NIGHTJAR - - - -
65 BEEEATER - - - -
66 COBIMO - - - -
67 WHITESTORK - - - -

Instructions détaillées par protocole

STOC EPS (1)

STOC ONF (7)

SHOC (2)

STOC Sites (3)

STOC Montagne (4)

générique oiseaux (5)

Lagopède alpin (6)

Tétra lyre (10)

PTAKI LESNE (8)

Wetlands (9)

GLC (11)

Nou atles diurn (12)

Nou atles nocturn (13)

Brutvögel Monitoring (14)

Seguiment d'Ocells Comuns a Catalunya (15)

Programa de Seguimiento de Mariposas Diurnas (16)

Oies/Cygnes (champs) (17)

Oies/Cygnes (repos) (18)

Monitoraggio Nazionale Italiano Anfibi (19)

Monitoraggio Nazionale Italiano Rettili (20)

Garzaie Italia (21)

Corbeau freux (22)

Héron cendré (23)

Hirdonelle des rivages (24)

Monitoring des oiseaux nicheurs répandu (25)

Râle des genêts (26)

Import d'un fichier shp

Pour importer des polygones, points d’écoutes ou carrés dans le cadre d’une saisie protocolée, il faut préparer un fichier zip, contenant les fichiers nécessaires (minimum 5) afin d’importer en une fois tous les points/transects/polygones/carrés d’un protocole.

Impératif AVANT import:

Il est très important de bien préparer les fichiers, avec le programme QGIS ou équivalent, en tenant compte des formats (il faut que l’encodage soit en UTF-8 et idéalement en WGS84 qui correspond au code EPSG 4326), du contenu des colonnes, de la définition des points de référence par polygone si on ne désire pas l'attribution automatique du centroïde de ce dernier qui peut se trouver en dehors du polygone, de la présence d'une colonne avec attribution à un observateur (si déjà connu), définir si les lieudits ou superlieudits (Supersites) sont publics ou privés, etc.

puis aller dans

Administration-> Gestion des protocoles -> Importer un shapefile


Il faut ensuite :


  1. Sélectionner le fichier zip à importer.
  2. L’encodage est en UTF-8 uniquement.
  3. Choisir les références spatiales (la liste proposée est en fonction de votre pays) dans l’onglet SRID
  4. Choisir le protocole concerné (le choix proposé dépend de ce qui est actif sur votre plateforme)

S’il y a déjà un ou des fichiers shapefile importés ils apparaissent dans l’historique en bas.

La fenêtre description des données s’ouvre. Seul le champs "nom de référence" est obligatoire (flèche rouge). En appuyant sur la flèche, vous faites apparaître le nom des colonnes, il faut sélectionner la colonne de votre fichier shapefile que le système doit prendre en compte. Pour le nom de référence, par exemple, on peut choisir soit la colonne nom du lieu, soit la colonne n° du carré, polygone, transect,…

Le champ nom personnalisé est utile si vous n’utilisez pas les mêmes dénominations des lieux que les noms officiels, par exemple.

Sélection automatique du lieu-dit de référence : Chaque polygone, transect,… doit avoir un point de référence, il peut être commun à plusieurs polygones. Lorsque l’on choisit la version par défaut automatique, le système attribue un point qui correspond au centroïde du polygone. Si un nouveau point est crée, il faudra lui attribuer un nom (sous la case Nom 4 ème coche, cf flèche violette de la figure ci-dessous), sinon le système lui donne automatiquement le nom de référence. Si l’on veut que les points crées soient publics ou privés, il faut le spécifier dans une colonne du fichier avec mention oui/non. Ce travail aura dû être effectué avant l’import. Lorsque le point est déjà existant, on peut lui attribuer un n° de lieudit ou/et le nom d’un lieudit existant. (flèches vertes)

Il peut aussi être sélectionné selon ses coordonnées.

L'onglet ordre (flèche orange) permet de spécifier quelle colonne du fichier shapefile va être utilisé pour l’ordre de classement des polygones.

On peut également attribuer un numéro d’observateur, ainsi les droits seront automatiquement donné à cette personne sur ce polygone/point/transect.

Pour ajouter plus d’utilisateur pour un polygone, il faudra passer par le menu administration du polygone en question.

«  import shapefile description donnees.png »

Une fois tous les champs désirés remplis, cliquer sur « Importer un shapefile » Après cette action les observateurs et administrateurs concernés ont accès à leur protocole Via l’onglet Participer -> tous mes protocoles (flèche orange figure ci-dessous) « Import shapefile masque util.png »

En cliquant sur le logo pdf (flèche jaune), l'observateur peux downloader la carte du secteur de son protocole, le QRcode en bas à gauche permet d’accéder directement à la page internet de son secteur protocolé

“import shapefile carte pdf.png”

En cliquant sur la loupe, l'observateur accède à la carte de son secteur

« import shapefile carte net.png »

En cliquant sur l’onglet formulaire (flèche…) il peut ajouter directement des observations dans le cadre du protocole, et modifier le protocole selon ses droits : N° du polygone ou lieu dit


Lorsque l’on a importé un shapefile polygone, il n’est pas possible d’en rajouter un avec l’outil et un message d’erreur apparait. L’outil modifier le polygone est par contre actif.


Il est possible d’utiliser des multis polygones, mais seulement via l’import d’un fichier shapefile car il n’est pas possible de les dessiner directement dans le module saisie protocolée.



NB: Le fichier shape doit être compatible avec le protocole choisi. Par exemple, le protocole Wetland attend des polygones, il faut donc que le shape contienne des polygones.

Attention, le module ne supporte que l'encodage UTF-8. Le système ne vérifie rien et assume que le fichier est correct. Vérifiez donc bien votre encodage, sinon les caractères accentués peuvent devenir des symboles cabalistiques.

L'ID de référence est obligatoire (alphanumérique), mais si un nom personnalisé est donné, le nom personnalisé est utilisé comme ID de référence.

Un fichier shape doit contenir 6 fichier différents, qu'il faut réunir dans un fichier .zip pour import.




Masque d'import d'un shapefile


FAQ

Puis-je utiliser le formulaire protocole pour un autre emploi?

Non car les protocoles SHOC et STOC EPS sont synchronisés en temps réel avec le site vigieplume du Muséum d’Histoire Naturelle et si cela ne concerne pas les protocoles sus mentionnés, les données sont susceptibles d’être effacées !

En cas d'oubli après validation du formulaire

Consultez vos observations dans les menus prévus (Toutes mes données ou consultations multicritères) et sélectionnez l’icône « Editer la donnée » (Figure 1) La page Détail de l’observation s’ouvre et en cliquant sur l’icône «  ajouter une espèce au formulaire » vous pouvez ajouter les espèces manquantes sur le même point d’écoute ou transect pour le même relevé ! (Figure 2) Malgré la mention non obligatoire, il faut renseigner le nombre et la distance comme dans le formulaire protocolé, le système vous le demandera en cas d'oubli. (Figure 3)

Figure 1
Figure 2
Figure 3
Supprimer/ modifier une donnée dans le cadre d'un protocole

Dans "Toutes mes observations"

Pour suppression: cliquer sur le bouton "effacer la donnée" (flèche orange) Pour modification: cliquer sur le bouton "Editer la donnée" (flèche verte)

One data protocol delete.png
Suppression d'un formulaire complet

Dans toutes mes observations cliquer sur l’icône « effacer le formulaire » adjacent à une observation du formulaire en question.

All data protocol delete.png
En cas d'insertion d'une espèce par erreur dans le formulaire

Si une espèce non observée a été insérée dans la liste par erreur, il suffit de ne pas renseigner le nombre d’individus et la ligne n'est pas prise en compte.

Puis-je effacer un carré crée par erreur

Il n'est pas possible d'effacer un carré faisant partie d'un protocole.

Afin d'éviter une saisie protocolée non désirée sur ce carré, il faut le laisser sans observateur, ainsi la saisie protocolée sur ce carré n'est pas possible.


Aller dans le menu "Administration" puis "Utilisateurs/site" cliquer sur "Editer" (rond rouge) du carré concerné et effacer l'observateur si il y en a un.

Enlever observateur.png
J'ai 2 carrés identiques et je ne sais pas lequel contient des observations!

Afin de vérifier si le carré contient des observations protocolées, aller dans la partie "Administration" puis "Sites" Noter le numéro des carrés concernés (Code site, flèche orange)

Trouver nunero carre.png

Aller ensuite dans "Administrations" puis "Vérification des données"

choisir le site selon son numéro (flèche orange, Figure 1) puis cliquer sur "Afficher" (flèche jaune)

Si aucun graphique n'apparaît (rond rouge sur Figure 1), il n'y a pas de données, sinon un graphique avec des carrés colorés indiquant les jours comptant des relevés s'affichent. (entouré en rouge sur Figure 2)

On peut directement cliquer dessus pour obtenir le détail des observations.

Figure 1
Figure 2
Que puis-je faire avec les droits d'admin d'un protocole
  1. Il donne accès au sous-menu décrit ici : Menu d'administration des protocoles. Un menu par protocole auquel l'utilisateur à accès est affiché. Ce menu n'est visible que si l'observateur à le droit d'accès admin généralisé (et non localisé à une commune/canton/département).
  2. Il peut faire un export des données spécifiques aux protocoles auquel il à accès. Ce comprend en particulier le nom de chaque sous-site du protocole ainsi que le nom local de ces mêmes sous-sites (si utilisé)
  3. Il permet de faire une recherche en limitant aux données liés aux protocoles auquel il à accès. Ceci ouvre la porte aux exports décrit dans le point précédent. (Il faut faire une recherche limitée à un protocole pour pouvoir exporter les données spécifiques liée à ce protocole)
  4. Un administrateur d'un protocole voit tous les sites liés à ce protocole sur la carte quand il navigue. (L'utilisateur normal du protocole voit uniquement les sites qui lui sont attribués (par un administrateur du protocole en question). Ce droit est générique mais il peut être reteint à une ou plusieurs communes par un administrateur de la base.
  5. Depuis le menu décrit au point 1), il peut accéder à une synthèse de tous les recensements saisis par les différentes personnes ayant le droit de saisir des données pour le protocole. Ce droit est générique mais il peut être reteint à une ou plusieurs communes par un administrateur de la base (idem qu'au point précédent).
  6. Depuis le menu décrit au point 1), avec les droits non localisé (c'est à dire non limité un à une commune/département/région/province), il peut changer les paramétrages du protocole, par exemple activer/désactiver la saisie de la hauteur de neige ou ce genre de chose.
  7. Depuis le menu décrit au point 1), il est possible d'attribuer des observateurs au protocole. Cette personne aura alors le droit d'accès à la saisie des données pour le protocole en question. Elle pourra également créer un nouveau site qui sera associé au protocole. Il est toutefois possible de limiter cette dernière option aux administrateurs du protocole seulement.
  8. Depuis le menu décrit au point 1), il est possible d'importer des polygones depuis un shapfile (pour les protocoles qui utilisent des polygones)
Quelles traductions sont nécessaire pour chaque protocole

Appelons un nouveau protocole PPP, les traductions suivantes seront disponible :

Constante Exemple Explication Remarques
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP Oiseaux d'eau C'est le nom relativement court du protocol. C'est l'élément typographique utilisé un peu partout pour décrire des éléments liés à un protocole (Ajout, Edition, Export, Import, etc...) Ce champ est obligatoire et doit être défini pour tout nouveau protocole.
ADD_MAP_PPP Comptage oiseaux d'eau Est affiché dans en dessus de la carte dans l'étape 1 de la saisie sur le web et dans le menu + dans l'application mobile. Ce champ est obligatoire et doit être défini pour tout nouveau protocole.
STOC_PROCESSOR_SHORTNAME_PPP ROE C'est un acronyme décrivant le protocole. Ce champ est facultatif, s'il est défini, ce texte est ajouté automatiquement entre parenthèse après chaque nom de site créé avec ce protocole. Par exemple: "Etrang des Iles (ROE)". Cela permet de différencier d'un autre site "Etang des Iles" qui ne serait pas lié à un protocole. Ce champ est ignoré s'il vaut "-"
DAILY_LIST_TEXT_INTRO_PPP Utilisez la liste ci-dessous pour ajouter les espèces d'oiseaux observées pendant le compatge (également les mammifères si vous en avez vu et compté) et introduisez pour chaque espèce le total de chaque section. Ce texte est affiché en dessus du masque de saisie principal des données. Il donne une explication sur ce qui doit être saisi. Ce champ est facultatif, s'il est absent ou avec la valeur "-", c'est la constante DAILY_LIST_TEXT_INTRO_UNIQUE_MAP qui est affichée par défaut. Notez que pour un formulaire "normal", c'est à dire non protocolé, la constante DAILY_LIST_TEXT_INTRO qui est utilisée (qui n'est pas affiché non plus s'il vaut "-")
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP_DESCRIPTION Le Recensement des oiseaux d'eau est l'outil parfaitement adapté à de nombreuses zones humides C'est un petit texte de présentation dédiée au protocole. Il est utilisé sur la page de présentation des secteurs de recensement encore libre. Ce champs est facultatif. Il est ignoré s'il vaut "-"
OBSERVATIONS_TEXT_NAME_PPP_LINK https://www.example.com C'est un lien externe vers une page dédiée au protocole. C'est utilisé sur la page de présentation des secteurs de recensement encore libre. Ce champs est facultatif. Il est ignoré s'il vaut "-"